Klášterní kostel Matky Boží v Jihlavě byl založen českým králem Přemyslem Otakarem I. v třicátých létech XIII. století pro Řád minoritů svatého Františka z Assisi a vystavěn původně ve slohu románském.
Po velkém požáru v Jihlavě roku 1353 přestavěn ve slohu gotickém a vysvěcen 1355. Presbytář kněžiště dokončen okolo roku 1500, chór chrámový nad předsíní chrámovou je z roku 1756. Věž celá kamenná (jsou jen dvě na celé Moravě) spočívá na čtyřech sloupech uprostřed kostela stojících. Nejstarší fresky jsou ze 13. století, jiné ze 14. století, poslední okolo roku 1500. Hlavní oltář z roku 1744 je dílo Ondřeje Zonnera, obraz na hlavním oltáři Nanebevzetí Panny Marie maloval J. Edgöns.
Nejstarší hlavní oltář gotický stál o několik metrů dále, kde je nyní sakristie a nad ním na klenbě je vidět freskovou výzdobu - čtyři erby Čech, Moravy, arcibiskupství Olomouckého a města Jihlavy. Tři svorníky kamenné představují Krista, Pannu Marii a svatého Jana. Ve výši pivního poschodí bylo na kamenných podstavách s baldachýny - bohužel většinou v době reformace zničenými - šest kamenných světic svaté Kateřiny, Markéty, Barbory a tři uvedené sochy jsou umístěny v presbytáři vpravo na kněžských sedelích ze 14. století. Ostatní sochy blahoslavené Anežky neb svaté Kláry a zbytky sochy svaté Alžběty a neznámé světice jsou uloženy v kapli za hlavním oltářem. Obraz vpravo u hlavního oltáře znázorňuje přepadení Jihlavy loupeživými rytíři 19. února 1402, jedenáct dní po zajetí krále Václava IV. a zachránění Jihlavy mnichy z minoritského kláštera.
Betlém v minoritském kostele od Vánoc do Hromnic, postavený v kapli Božského Srdce Páně, je největší v Jihlavském kraji.
Po pádu totality a návratu druhé jihlavské fary u sv. Jakuba zpět řádu strahovských Premonstrátů bylo k Matce Boží v roce 1990 od sv. Jakuba přesunuto sídlo jihlavského děkanství do roku 1998, kdy byl chrám i s přilehlým klášterem navrácen zpět Řádu minoritů.