Významně se klášter zapsal do dějin Jihlavy v roce 1402, kdy v noci z 19. na 20. února došlo k přepadení města rotami loupeživých rytířů, které se přes hradby dostaly do kláštera. Menší bratři, zachovávající noční chór, však rychle zburcovali celé město, takže útočníci byli odraženi. Na památku této záchrany města byla nejprve v presbytáři zasazena kamenná deska, později byla celá událost též znázorněna na fresce, dodnes zachované.
Husitské války klášter v katolické Jihlavě přežil bez úhony, po jejich skončení se vzmáhal, což se odrazilo nejen růstem majetku, ale i stavebními aktivitami. Kamenná deska, vyjadřující vděčnost šlechetné dárkyni Elišce z Petrovic, se díky špatně přečtenému letopočtu po čase stala nedobrovolným základem pověstí o tom, že kostel pochází z 11. století. Nastupující protestantismus ohrozil existenci kláštera v samých základech, ten však přežil. Pozdější barokní přestavby v 18. století způsobily narušení vzácné gotické křížové chodby.
Za josefinských reforem klášter ušel zrušení, i při zdejším kostele byla zřízena roku 1784 druhá městská farnost, nejprve spravovaná diecézním knězem a od roku 1800 přímo členy kláštera. Za totality klášterní budovy sloužily školským účelům a zčásti též farnímu úřadu.
